学位論文の全文が公表できない場合に提出する「全文の要約」は、「内容の要旨」とは異なるということですが、「要約」と「要旨」はどのようなものであればよいでしょうか?

 「内容の要旨」は審査に利用するもので、各研究科で定めた形式に則していただいて構いません。「全文の要約」として想定されるのは、章立てを有した状態で全体をコンパクトに表現したものです。全体の内容・流れが分かるような形が理想ですが、博士論文の構成は分野によって異なるため、研究科でそれぞれ判断して決めていただければと考えています。
 なお、文部科学省によると「具体的には、例えば課題設定、方法論、実験・解析、結論・考察など、当該論文の全体がわかる形で、その内容が要約されたものを指し、内容の要旨(アブストラクト)とは異なります。」とのことです。
(参考)オープンアクセス・サミット2013 「博士論文のオープンアクセスを実現する」質疑応答まとめ